着陆于石村号的时候，石村号的引导系统发生了故障，科利昂号坠毁在石村号的船坞里。迫降后一行人随即对飞船展开调查。

小队成员在探索石村号内部的大堂时遭到了不明生物尸变体（necroorph）的攻击，两名队员先后罹难。

石村号的任务就是为了在伊吉斯7行星上取得这个宗教认为具有价值的遗迹——神印可理解为“神迹”，统one教会企图利用石村号将信标带回地球研究。

整个任务其实是一个非法的采矿行动。当信标被搬上石村号之后，所有伊吉斯7行星上的居民都患上了抑郁症，并逐渐不受控制发展为暴力倾向，最终演变为互相残杀。

居民死后的尸体变异为恐怖暴力的怪物——尸变体。殖民地上的一个保卫员在目睹了女儿自杀后，抱着女儿的遗体驾着飞艇逃往石村号。

结果也把藏在飞艇中的外星生命体一同带入。殖民星球上的灾难于石村号上重演，外星生命体在飞船内四处杀戮，并将接触到的尸体转化为尸变体。

尸变体已没有了人类的特征，其外貌变得十分恐怖，行为凶残至极，它们以疯狂残杀生命体来获得新的寄生体。

最终的剧情是游戏主角在神印的指引之下，克服重重困难成功将神印送回，阻止了灾难的进一步爆发。

二代的剧情相对简单，游戏主角艾萨克被送到了土星某卫星的轨道站上进行研究，因为他们都是曾经与红色神印直接接触过但没有变异的人。

然而实际上泰坦空间站本身就是神印的一个实验基地，随后泰坦上的实验失控，一部分实验者都变异成为尸变体。

在二代里的神印已经开始变得邪恶，它利用艾萨克对自己女友的感情想要入侵艾萨克的大脑，却被艾萨克摧毁。

到了第三代，游戏来到了外星球，那是一个完全被冰冻的星球。该星球的原住民（长得像蚂蚁一样的人型生物）显然是被神印所诱惑。

它们复制出了无数的神印并疯狂使用神印提高自己的科技文明，后面当神印开始收割它们的时候，幸存的外星人选择的同归于尽（通过冰封了整个星球的方式）。

备注：不是为了毛文字，主要是向一些没有玩过该游戏的读者解释游戏的背景。另外因为某些特殊原因，统1教没法写统统用统one教替代。